Das Nonnenhaus wurde um 1488 als Kloster- bzw. Beginenhaus errichtet, in dem zunächst Dominikanerinnenund später Beginen lebten. Mit der Reformation wurde das Klosterleben beendet. Damals kam es nicht nur in der Tübinger Kirche zu umfassenden Veränderungen, sondern auch in der Universität. Der Schwerpunkt verlagerte sich auf die evangelische Theologie und die Ausbildung von Pfarrern. Philipp Melanchthon hatte dabei indirekt großen Einfluss, da seine humanistisch geprägten Ideen das Verständnis von Bildung prägten.Zahlreiche Scholaren (die damaligen Professoren) wurden ausgetauscht. Zu dieser Zeit kam auch der Arzt und Botaniker Leonhard Fuchs nach Tübingen. Ab etwa 1535 lebte er im Nonnenhaus. Aus dem ehemaligen Klostergarten machte er einen der frühesten botanischen Versuchsgärten Europas. Aus dieser Nutzung heraus entwickelte sich später auch die Tübinger Botanik.Im Laufe der Jahrhunderte wurde das Nonnenhaus immer wieder umgebaut, hat sich aber dennoch sein mittelalterliches Aussehen bewahrt.
Zum Andenken an Leonhart Fuchs steht vor dem Nonnenhaus ein großes steinernes Buch. Es soll an seine Bücher „New Kreuterbuch“ erinnern.